Mesmo tendo sido criado pela Constituição do Estado do Acre (2001), o CEI do Acre nunca funcionou. Essa situação levou o MPF, em 2020, a ajuizar ação civil pública na JF para que a implementação do órgão seja efetivada pelo governo do Acre.
O CEI deve atuar em políticas públicas para as necessidades de manutenção territorial e ambiental, bem como de saúde, habitação e educação, com respeito às origens e especificidades culturais das diversas etnias indígenas presentes no Estado do Acre. O colegiado deve assessorar o Governo do Estado na elaboração de diretrizes e projetos de políticas públicas em favor dos povos indígenas localizados no estado do Acre.
Em audiência de conciliação realizada no início do ano, o Governo do Estado se comprometeu a editar nova lei que reformulasse o Conselho atualmente existente, considerando a aparente inconstitucionalidade da lei estadual editada em 2003.
O MPF noticiou o descumprimento do acordo, o que levou a JF a determinar que, no prazo de 45 dias, o Estado do Acre apresente projeto de lei ao legislativo estadual, com destaque de urgência da matéria, para promover a implantação do CEI e a aplicar multa de R$ 50 mil pelo descumprimento do acordo.
De acordo com a decisão, o Estado do Acre deverá ainda consultar as comunidades indígenas sobre as lideranças que farão parte do CEI para que ocorra a pluralidade representativa no Conselho antes mesmo do envio da redação do projeto de lei ao legislativo acreano. O Estado do Acre já havia acordado compromisso de instalação do CEI, no prazo de seis meses, o que não foi cumprido. Portanto, a decisão da JF alerta ainda que o descumprimento do acordo firmado entre as partes, acarretará em pagamento de multa dirigida ao chefe do executivo estadual.